Mục đích chính của Hiệp hội là: Xây dựng một ngành thương mại giống cây trồng có tổ chức tốt, cung cấp giống cây trồng đảm bảo số lượng và chất lượng cho nông dân Việt Nam, đồng thời đáp ứng được tiêu chuẩn quốc tế khi tham gia xuất khẩu thương mại giống cây trồng; hỗ trợ các cộng đồng dân cư, các tổ chức, các doanh nghiệp của Việt Nam [2].